Para outros municípios do estado de SPaulo, é necessário verificar se o está integrado ao sistema de licenciamento da Junta Comercial. Caso esteja, é necessário avaliar também as atividades exercidas pela empresa e as características físicas do imóvel onde está estabelecida.

Para empresas de menor risco o licenciamento na prefeitura se dará pelo próprio sistema integrado e nesses casos sim, o CLI servirá também como a autorização da prefeitura. Para empresas de maior risco, as prefeituras poderão exigir procedimentos e alvarás específicos, conforme legislação edilícia local.